memo_データの読み込み

■CSVファイルへの接続

cvs は default で 使えるので
> data=read.csv("BUN-Cr.csv", header=TRUE, sep=",")

で，データは入る．sep オプションは不要?
BUN, Cr とも NA でも NA として取り込まれる

■Excel ファイルへの接続

Excel ファイルのまま読み込むなら以下

> install.packages("gdata")
> library(gdata)
> data2=read.xls("BUN-Cr.xls")

では，エラーになる

> install.pakages('openxlsx')
> library(openxlsx)
> data <- read.xlsx("BUN-Cr.xlsx")

なら大丈夫
BUN, Cr とも NA なら 取り込まれない

以下古くて不確実

■MSSQLへの接続

R Interactive から 大文字小文字区別するので注意

RODBC でいく
> install.packages("RODBC")
> library(RODBC)
> cn <- odbcDriverConnect(connection="Driver={SQL Server};server=suMSSQL.camp.local;DATABASE=Kidney;UID=sa;PWD=*;")
> dataset <- sqlQuery(cn,"SELECT CODE, BUN, CREAT FROM DATA WHERE CODE<='00005'")
> dataset (これでデータ表示)

Rx系でいく (ref:https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/mt732689.aspx)

RevoScaleR を使う
?
> sqlServerConnString <- "SERVER=suMSSQL;DATABASE=Kidney;UID=sa;PWD=*;"
> dsSqlServerData <- RxSqlServerData(sqlQuery = "SELECT CODE, BUN, CREAT FROM DATA", connectionString = sqlServerConnString)




sqlcmd などから
SQLに 埋め込む

■MySQLへの接続

そのまえに VS で パッケージを導入してあるつもりなのだが．．．

> install.packages("DBI")
> install.packages("RMySQL")

> require("RMySQL")

> con <- dbConnect(MySQL(), host="suMySQL.camp.local", port=3306, dbname="Kidney", user="root", password="*")
>dataset <- dbGetQuery(con, "set names cp932")
> dataset <- dbGetQuery(con, "SELECT BUN, CREAT FROM DATA")

■MSACCESSへの接続

kidney2016.accdb を ODBC 経由でアクセスできるようにしておく．
ここでは接続名は con2kidney2016

--Rguiで
メニュー - パッケージ - RODBC を インストール

> library(RODBC)

> db = odbcConnect("con2kidney2016")

> ds = sqlQuery(db, "select * from dbo.DATA where CODE='00001'")

> ds
これでデータが見える(に違いない)

> ds$HCT (ds$hct では NG)
で HCT の一覧

> ds = sqlQuery(db, "select HCT from DATA where HCT>0")

> ds

> mean(ds$HCT)

NAのまま読み込むなら
> ds = sqlQuery(db, "select HCT from DATA")
で，集計するときに
> mean(ds$HCT, na.rm=TRUE)

> class(ds) で data.frame形式で取得できていることがわかる